食品废水处理，应注意生产排水波动对废水处理过程的影响，应做好相应的废水预处理，确保后续废水处理系统连续可靠运行。一般是采用固液分离技术去除废水中的悬浮物和漂浮物。
食品废水生化性好，应以生化处理工艺为首选工艺，并尽可能选择厌氧UASB、IC等厌氧处理技术，能耗低、污泥量少，可以产生生物能。还可以根据废水处理水量、浓度、 排放标准等，选择水解酸化、厌氧发酵塔、厌氧接触床等技术。采用好氧生物技术处理食品废水时，对于小水量的食品废水处理工程，建议选用运行稳定的接触氧化废水处理工艺；对于水量大的食品废水处理工程，可选择活性污泥法，氧化沟工艺等进行处理，去除水中有机物等物质。
若要达到更高的处理效果，需对废水进行进一步处理，则可采用物化处理工艺，如絮凝沉淀法、催化氧化法、砂滤法、电解法等。