造纸废水通常仍采用物化和生物法相结合的方式进行处理，整个造纸废水处理工艺流程可分为预处理、厌氧处理、好氧处理和深度处理四个阶段。 
造纸废水预处理工艺主要有：格栅、斜网、微滤机、调节水量及水质的调节池、沉淀池等组成，主要为了改善废水水质，同时去除部分污染物质，以便满足各工艺对进水水质的要求。
物理化学法具有治理快、处理效果好等优点，一般采用的方法包括：高级氧化法、絮凝沉淀法、膜分离法、吸附法等。一般常采用气浮或沉淀方法，通过投加混凝剂，可去除绝大部分SS，同时去除大部分非溶解性COD及部分溶解性COD和BOD5。
对于高浓度有机废水，生化处理常采用厌氧处理与好氧处理相结合。其中好氧生物处理法主要包括活性污泥法，生物膜法。厌氧处理主要包括厌氧生物滤池、上流式厌氧滤池、升流式厌氧污泥床(UASB)、厌氧流化床(AFB)、厌氧附着膜膨胀床(AAFEB)以及厌氧浮动生物膜反应器(AFBBR)和厌氧折流板反应器(ABR)等。
对于造纸废水，由于其自身性质复杂，难以降解，因此单一的处理方法不能达到很好的效果，因此在实际应用中多采用组合工艺的形式，将不同的处理方法进行组合，能够得到较好的处理效果。